2018年5月国家生态环境部正式发函，同意以南方科技大学为依托建设国家环境保护流域地表水-地下水污染综合防治重点实验室。该实验室是南方科技大学环境学院首个部级重点实验室，标志着南方科技大学环境学院正式加入环保领域“国家队”。   

该实验室带头人为环境学院院长郑春苗教授，针对水体污染防治科技与行业发展需求，以流域为系统，开展地表水-地下水污染防治领域“科学-技术-管理”三层次研究：

（1）流域水环境演化规律及地表水-地下水交互作用机理、耦合机制与生态环境效应及其调控机制；

（2）流域地表水-地下水污染监测、调查和综合防治关键技术以及绿色环保设备及先进材料；

（3）流域地表水-地下水污染风险评估、健康效应评价与优化管控技术。

实验室的建设目标是将“国家环境保护流域地表水-地下水污染综合防治重点实验室”打造成国际一流的研发平台、标准化检测中心和未来的国家重点实验室，提升流域地表水-地下水污染防治科技水平，保护我国地表水和地下水生态环境。